| 1 | CENTRE HOSPITALIER D AUXERRE | AUXERRE | ~3 500 salariés |
| 2 | MAZAGRAN SERVICE | AVALLON | ~3 500 salariés |
| 3 | PRYSMIAN CABLES ET SYSTEMES FRANCE | SENS | ~1 500 salariés |
| 4 | DEPARTEMENT DE L'YONNE | AUXERRE | ~1 500 salariés |
| 5 | CENTRE HOSPITALIER DE SENS | SENS | ~1 500 salariés |
| 6 | B.D.M.S. DISTRIBUTION | AVALLON | ~1 500 salariés |
| 7 | BERNER | SAINT-JULIEN-DU-SAULT | ~1 500 salariés |
| 8 | DIRECTION DES SERVICES DEPARTEMENTAUX DE L EDUCATION NATIONALE DE L YONNE | AUXERRE | ~750 salariés |
| 9 | COMMUNE D'AUXERRE | AUXERRE | ~750 salariés |
| 10 | COMMUNE DE SENS | SENS | ~750 salariés |
| 11 | CENTRE HOSPITALIER SPECIALISE DE L'YONNE | AUXERRE | ~750 salariés |
| 12 | HOPITAL DE JOIGNY | JOIGNY | ~750 salariés |
| 13 | HOPITAL DE TONNERRE | TONNERRE | ~750 salariés |
| 14 | HMY FRANCE | MONETEAU | ~750 salariés |
| 15 | SCHIEVER DISTRIBUTION | AVALLON | ~750 salariés |
| 16 | FRUEHAUF | AUXERRE | ~750 salariés |
| 17 | EURIAL ULTRA FRAIS | JOUY | ~750 salariés |
| 18 | DAVEY BICKFORD | HERY | ~750 salariés |
| 19 | DUC | CHAILLEY | ~750 salariés |
| 20 | EXPERTISE ET TECHNIQUE COMPTABLES | SAINT-GEORGES-SUR-BAULCHE | ~375 salariés |
| 21 | DIRECTION DEPARTEMENTALE FINANCES PUBLIQUES YONNE | AUXERRE | ~375 salariés |
| 22 | LYCEE POLYVALENT FOURIER SAINT-GERMAIN | AUXERRE | ~375 salariés |
| 23 | CA DE L'AUXERROIS | AUXERRE | ~375 salariés |
| 24 | COMMUNE DE JOIGNY | JOIGNY | ~375 salariés |
| 25 | CA DU GRAND SENONAIS | SENS | ~375 salariés |
| 26 | EHPAD D'AUXERRE | AUXERRE | ~375 salariés |
| 27 | CENTRE HOSPITALIER D AVALLON | AVALLON | ~375 salariés |
| 28 | SCE DEPARTEMENTAL INCENDIE ET SECOURS | AUXERRE | ~375 salariés |
| 29 | AUXERRE DISTRIBUTION | AUXERRE | ~375 salariés |
| 30 | GROUPE ELITE RESTAURATION | JOIGNY | ~375 salariés |
| 31 | DENIDIS | SAINT-DENIS-LES-SENS | ~375 salariés |
| 32 | DECA PROPRETE CHAMPAGNE ARDENNES II | AUXERRE | ~375 salariés |
| 33 | DRAKA COMTEQ FRANCE | PARON | ~375 salariés |
| 34 | PNEU LAURENT | AVALLON | ~375 salariés |
| 35 | MANNESMANN PRECISION TUBES FRANCE | CHEU | ~375 salariés |
| 36 | PACK SECURITE | APPOIGNY | ~375 salariés |
| 37 | AMBULANCE DU SEREIN | AUXERRE | ~375 salariés |
| 38 | SAINT GOBAIN PERFORMANCE PLASTICS FRANCE | CHARNY OREE DE PUISAYE | ~375 salariés |
| 39 | CAISSE PRIMAIRE ASS MALADIE | AUXERRE | ~375 salariés |
| 40 | T.EN LOADING SYSTEMS | SENS | ~375 salariés |
| 41 | IRIS LOGISTIQUE | FOUCHERES | ~290 salariés |
| 42 | OMEGA | CHAILLEY | ~255 salariés |
| 43 | LYCEE GENERAL ET TECHNOLOGIQUE C.R.JANOT | SENS | ~225 salariés |
| 44 | SOLOMAT LOCATION | ETIGNY | ~225 salariés |
| 45 | KEP TECHNOLOGIES INTEGRATED SYSTEMS | SOUCY | ~225 salariés |
| 46 | EDEN 89 | SENS | ~225 salariés |
| 47 | SOCIETE COMMERCIALE LE PRE BERCY | AVALLON | ~225 salariés |
| 48 | CONIMAST INTERNATIONAL | SAINT-FLORENTIN | ~225 salariés |
| 49 | LA FOURNEE DOREE BOURGOGNE | BASSOU | ~225 salariés |
| 50 | RENOUER | AUXERRE | ~225 salariés |
| 51 | ALUMINIUM FRANCE EXTRUSION SAINT FLORENTIN | GERMIGNY | ~225 salariés |
| 52 | LABORATOIRES MACORS | AUXERRE | ~225 salariés |
| 53 | ANCIENS ETS G.SCHIEVER ET FILS | AVALLON | ~225 salariés |
| 54 | A.J.A FOOTBALL | AUXERRE | ~225 salariés |
| 55 | DISMI | MIGENNES | ~225 salariés |
| 56 | EURIAL LOGISTIQUE EST | FOUCHERES | ~225 salariés |
| 57 | ARMATIS AUXERRE | AUXERRE | ~225 salariés |
| 58 | LEBHAR | GRON | ~225 salariés |
| 59 | KRONOSPAN SAS | AUXERRE | ~225 salariés |
| 60 | PLASTIKPACK FRANCE | GRON | ~197 salariés |
| 61 | SNC ROPARS CHRISTIAN ET PIERRE | SAINT-FARGEAU | ~183 salariés |
| 62 | DISTRI PAINS FRANCE | SENS | ~165 salariés |
| 63 | FONTAINE DE BORD | BRIENON-SUR-ARMANCON | ~160 salariés |
| 64 | HOLDING GRAND EXPORT | CHAILLEY | ~158 salariés |
| 65 | FROMAGERIE LINCET | SALIGNY | ~150 salariés |
| 66 | DIRECTION DEPARTEMENTALE DES TERRITOIRES YONNE | AUXERRE | ~150 salariés |
| 67 | PREFECTURE DE DEPARTEMENT YONNE | AUXERRE | ~150 salariés |
| 68 | DIRECTION TERRITORIALE PROTECTION JUDICIAIRE JEUNESSE YONNE NIEVRE | AUXERRE | ~150 salariés |
| 69 | GROUPEMENT DE COOPERATION SOCIALE ET MEDICO-SOCIALE POLE GERONTOLOGIQUE DE LA VALLEE DU SEREIN | L'ISLE-SUR-SEREIN | ~150 salariés |
| 70 | LYCEE GENERAL JACQUES AMYOT | AUXERRE | ~150 salariés |
| 71 | LYCEE D'ENSEIGNEMENT GENERAL,TECHNOLOGIQUE ET PROFESSIONNEL AGRICOLE D'AUXERRE-LA-BROSSE | VENOY | ~150 salariés |
| 72 | LYCEE POLYVALENT LOUIS DAVIER - LYCEE DES METIERS DU TERTIAIRE, DE LA LOGISTIQUE ET DE L'AUTOMOBILE | JOIGNY | ~150 salariés |
| 73 | CC LE TONNERROIS EN BOURGOGNE | TONNERRE | ~150 salariés |
| 74 | COMMUNE DE CHARNY OREE DE PUISAYE | CHARNY OREE DE PUISAYE | ~150 salariés |
| 75 | CC DE PUISAYE-FORTERRE | SAINT-FARGEAU | ~150 salariés |
| 76 | COMMUNE D'AVALLON | AVALLON | ~150 salariés |
| 77 | COMMUNE DE MIGENNES | MIGENNES | ~150 salariés |
| 78 | COMMUNE DE MONETEAU | MONETEAU | ~150 salariés |
| 79 | COMMUNE DE PARON | PARON | ~150 salariés |
| 80 | COMMUNE DE TONNERRE | TONNERRE | ~150 salariés |
| 81 | COMMUNE DE VILLENEUVE SUR YONNE | VILLENEUVE-SUR-YONNE | ~150 salariés |
| 82 | EHPAD RESIDENCE LES FONTENOTTES | ANCY LE FRANC | ~150 salariés |
| 83 | EHPAD CHATEAU DE BOURRON | CHAMPCEVRAIS | ~150 salariés |
| 84 | EHPAD LAMY DELETTREZ | PONT-SUR-YONNE | ~150 salariés |
| 85 | HOPITAL LOCAL ROLAND BONNION VILLENEUVE-SUR-YONNE | VILLENEUVE-SUR-YONNE | ~150 salariés |
| 86 | RESIDENCE JOSEPHINE NORMAND | BRIENON-SUR-ARMANCON | ~150 salariés |
| 87 | DYNAPLAST | SAINT-FLORENTIN | ~150 salariés |
| 88 | CLINIQUE DE REGENNES | APPOIGNY | ~150 salariés |
| 89 | TRANSDEV BFC NORD | SENS | ~150 salariés |
| 90 | JOEL LEFEVRE | APPOIGNY | ~150 salariés |
| 91 | HORMANN FRANCE SA | GRON | ~150 salariés |
| 92 | SOCIETE D'EPLOITATION DE LA CLINIQUE PAUL PICQUET | SENS | ~150 salariés |
| 93 | SA PHILAN | JOIGNY | ~150 salariés |
| 94 | BIO + | SENS | ~150 salariés |
| 95 | SV-PRO | MONETEAU | ~150 salariés |
| 96 | TUBAUTO SA | GRON | ~150 salariés |
| 97 | BAUDRY | MAILLOT | ~150 salariés |
| 98 | ACTA MOBILIER | MONETEAU | ~150 salariés |
| 99 | VILLEBENOIT SUD SA | AUXERRE | ~150 salariés |
| 100 | VILLEBENOIT NORD SA | SENS | ~150 salariés |