| 1 | PEUGEOT CITROEN SOCHAUX SNC | SOCHAUX | ~21 133 salariés |
| 2 | REGION BOURGOGNE-FRANCHE-COMTE | BESANCON | ~7 500 salariés |
| 3 | CHU BESANCON | BESANCON | ~7 500 salariés |
| 4 | COMMUNE DE BESANCON | BESANCON | ~3 500 salariés |
| 5 | DEPARTEMENT DU DOUBS | BESANCON | ~3 500 salariés |
| 6 | FONDATION PLURIEL | BESANCON | ~3 500 salariés |
| 7 | DIRECTION DES SERVICES DEPARTEMENTAUX DE L'EDUCATION NATIONALE DU DOUBS | BESANCON | ~1 500 salariés |
| 8 | CU GRAND BESANCON METROPOLE | BESANCON | ~1 500 salariés |
| 9 | CENTRE HOSPITALIER INTERCOMMUNAL DE HAUTE-COMTE | PONTARLIER | ~1 500 salariés |
| 10 | FONDATION ARC EN CIEL | MONTBELIARD | ~1 500 salariés |
| 11 | LES BEGONIAS | DEVECEY | ~1 500 salariés |
| 12 | CREDIT AGRICOLE MUTUEL DE FRANCHE COMTE | BESANCON | ~1 500 salariés |
| 13 | MEDOTELS | DEVECEY | ~1 500 salariés |
| 14 | FLEX-N-GATE FRANCE | AUDINCOURT | ~1 500 salariés |
| 15 | AVS BESANCON | CHALEZEULE | ~1 500 salariés |
| 16 | ASSOCIATION D HYGIENE SOCIALE DE FRANCHE COMTE | BESANCON | ~1 500 salariés |
| 17 | INSTAN ARDH | EVILLERS | ~1 500 salariés |
| 18 | DIRECTION DEPARTEMENTALE FINANCES PUBLIQUES DOUBS | BESANCON | ~750 salariés |
| 19 | CENTRE REGIONAL DES OEUVRES UNIVERSITAIRES ET SCOLAIRES DE BOURGOGNE-FRANCHE-COMTE | BESANCON | ~750 salariés |
| 20 | COUR D'APPEL DE BESANCON | BESANCON | ~750 salariés |
| 21 | RECTORAT DE L'ACADEMIE DE BESANCON | BESANCON | ~750 salariés |
| 22 | GIP FORMATION TOUT AU LONG DE LA VIE | BESANCON | ~750 salariés |
| 23 | ECOLE NATIONALE SUPERIEURE DE MECANIQUE ET DES MICROTECHNIQUES | BESANCON | ~750 salariés |
| 24 | CA PAYS DE MONTBELIARD AGGLOMERATION | MONTBELIARD | ~750 salariés |
| 25 | COMMUNE DE MONTBELIARD | MONTBELIARD | ~750 salariés |
| 26 | CENTRE HOSPITALIER SPECIALISE | NOVILLARS | ~750 salariés |
| 27 | SCE DEPARTEMENTAL INCENDIE ET SECOURS | BESANCON | ~750 salariés |
| 28 | LES MANUFACTURES DE FRANCHE COMTE | SELONCOURT | ~750 salariés |
| 29 | S.I.S. | VALDAHON | ~750 salariés |
| 30 | SIEDOUBS | ALLENJOIE | ~750 salariés |
| 31 | ASS LES SALINS DE BREGILLE | BESANCON | ~750 salariés |
| 32 | MUTUALITE FRANCAISE COMTOISE | BESANCON | ~750 salariés |
| 33 | ASSOCIATION ADDSEA | BESANCON | ~750 salariés |
| 34 | LES FRANCAS DU DOUBS | MONTBELIARD | ~750 salariés |
| 35 | NEOLIA COOPERATIVE | MONTBELIARD | ~573 salariés |
| 36 | BEMBERG CAPITAL | | ~559 salariés |
| 37 | DIRECTION REGIONALE DE L'ENVIRONNEMENT DE L'AMENAGEMENT ET DU LOGEMENT BOURGOGNE-FRANCHE-COMTE | BESANCON | ~375 salariés |
| 38 | PREFECTURE DE DEPARTEMENT DOUBS | BESANCON | ~375 salariés |
| 39 | DIRECTION REGIONALE DES DOUANES BESANCON | BESANCON | ~375 salariés |
| 40 | LYCEE POLYVALENT LOUIS PERGAUD | BESANCON | ~375 salariés |
| 41 | LPO JULES HAAG - LYCEE DES METIERS DE L'INGENIERIE MICROTECHNIQUE ET DES SYSTEMES INTELLIGENTS | BESANCON | ~375 salariés |
| 42 | SOLIDARITE DOUBS HANDICAP | BESANCON | ~375 salariés |
| 43 | LYCEE POLYVALENT GERMAINE TILLION | MONTBELIARD | ~375 salariés |
| 44 | COMMUNE D'AUDINCOURT | AUDINCOURT | ~375 salariés |
| 45 | COMMUNE DE PONTARLIER | PONTARLIER | ~375 salariés |
| 46 | CENTRE COMMUNAL D'ACTION SOCIALE | BESANCON | ~375 salariés |
| 47 | ETABLISSEMENT DE SANTE DE QUINGEY | QUINGEY | ~375 salariés |
| 48 | CENTRE DEPARTEMENTAL DE GESTION DE LA FONCTION PUBLIQUE TERRITORIALE | MONTBELIARD | ~375 salariés |
| 49 | NEOLIA | MONTBELIARD | ~375 salariés |
| 50 | ETUDES INSTALLATION MAINTENANCE INDUSTRI | ETUPES | ~375 salariés |
| 51 | JEAN-LOUIS BURDET SAS | DAMPRICHARD | ~375 salariés |
| 52 | CLINIQUE SAINT VINCENT | BESANCON | ~375 salariés |
| 53 | GUILLIN EMBALLAGES | ORNANS | ~375 salariés |
| 54 | GRUPO ANTOLIN BESANCON | BESANCON | ~375 salariés |
| 55 | FRANCHE COMTE NETTOYAGE | BESANCON | ~375 salariés |
| 56 | SETRA NETTOYAGE | ECOLE-VALENTIN | ~375 salariés |
| 57 | KEOLIS MONTS JURA | BESANCON | ~375 salariés |
| 58 | MONTBEDIS | MONTBELIARD | ~375 salariés |
| 59 | ASS GESTION INSTIT NOTRE-DAME-SAINT JEAN | BESANCON | ~375 salariés |
| 60 | IN EXTENSO CENTRE-EST | BESANCON | ~375 salariés |
| 61 | HOUBERDON NETTOYAGE SERVICES | ETUPES | ~375 salariés |
| 62 | AMPHENOL FCI BESANCON | BESANCON | ~375 salariés |
| 63 | GEODIS CL AUTOMOTIVE EST | ETUPES | ~375 salariés |
| 64 | MATY | BESANCON | ~375 salariés |
| 65 | BFC AMBULANCES | BESANCON | ~375 salariés |
| 66 | JTEKT COLUMN SYSTEMS FRANCE SAS | MANDEURE | ~375 salariés |
| 67 | MSA FRANCHE COMTE | BESANCON | ~375 salariés |
| 68 | CAISSE PRIMAIRE D ASSURANCE MALADIE DU DOUBS | BESANCON | ~375 salariés |
| 69 | MOBILITES BOURGOGNE FRANCHE COMTE | THISE | ~375 salariés |
| 70 | METALIS | MARCHAUX-CHAUDEFONTAINE | ~375 salariés |
| 71 | R. BOURGEOIS | BESANCON | ~375 salariés |
| 72 | SCHRADER | PONTARLIER | ~375 salariés |
| 73 | FORVIS MAZARS | BESANCON | ~375 salariés |
| 74 | FLEX-N-GATE MARLES | AUDINCOURT | ~375 salariés |
| 75 | FAMILLES RURALES-FEDE 25 | BESANCON | ~375 salariés |
| 76 | DE SAUVEGARDE DE L ENFANT A L ADULTE NORD FRANCHE COMTE | MONTBELIARD | ~375 salariés |
| 77 | UNION POUR LE RECOUVREMENT DES COTISATIONS SOCIALES DE FRANCHE COMTE | ECOLE-VALENTIN | ~375 salariés |
| 78 | ECL DEVELOPPEMENT | BESANCON | ~375 salariés |
| 79 | KEOLIS BESANCON MOBILITES | BESANCON | ~375 salariés |
| 80 | PEUGEOT MOTOCYCLES | MANDEURE | ~375 salariés |
| 81 | ZURFLUH FELLER | AUTECHAUX-ROIDE | ~375 salariés |
| 82 | PEUGEOT JAPY TECHNOLOGIES | VALENTIGNEY | ~367 salariés |
| 83 | PEUGEOT JAPY | VALENTIGNEY | ~270 salariés |
| 84 | DIRECTION REGIONALE DE L ECONOMIE, DE L EMPLOI, DU TRAVAIL ET DES SOLIDARITES BOURGOGNE FRANCHE COMTE | BESANCON | ~225 salariés |
| 85 | LYCEE POLYVALENT XAVIER MARMIER | PONTARLIER | ~225 salariés |
| 86 | COMMUNE DE VALENTIGNEY | VALENTIGNEY | ~225 salariés |
| 87 | CENTRE HOSPITALIER | BAUME-LES-DAMES | ~225 salariés |
| 88 | CENTRE HOSPITALIER PAUL NAPPEZ | MORTEAU | ~225 salariés |
| 89 | ZIMMER BIOMET FRANCE | BROGNARD | ~225 salariés |
| 90 | INDUSTRIE THERMOFORMAGE MECANO SOUDURE | AUTECHAUX | ~225 salariés |
| 91 | DISTRIDOUBS | DOUBS | ~225 salariés |
| 92 | HOUTAUDIS | HOUTAUD | ~225 salariés |
| 93 | CLAYENS DOUBS | BEURE | ~225 salariés |
| 94 | HIFI FILTER FRANCE | PONTARLIER | ~225 salariés |
| 95 | ESPACE 3000 | BESANCON | ~225 salariés |
| 96 | TRECIA | ETUPES | ~225 salariés |
| 97 | HOSPITALIA MUTUALITE | BESANCON | ~225 salariés |
| 98 | CAISSE D ALLOCATIONS FAMILIALES DU DOUBS | MONTBELIARD | ~225 salariés |
| 99 | ETABLISSEMENTS BURDIN BOSSERT | BESANCON | ~225 salariés |
| 100 | LES ELEVEURS DE LA CHEVILLOTTE | VALDAHON | ~225 salariés |